海辺の街、シラハマに住む新主人公・斬札ウィンはデュエマを愛する12歳！
ある日、悠久の封印から目覚めた「邪神くん」とその配下・アビスロイヤルたちの闇文明カードに出会い、「デュエマの深淵」へといざなわれていくこととなる！
さらに、デュエマ界を席巻する最強4人組集団「D4」やそのトップ、プリンス・カイザの野望がウィンと邪神くんを巻き込み、物語は大きく動き出す…！！
新主人公登場！その名は「斬札ウィン」！！デュエマが大好きな彼は、ある日参加した大会で優勝賞品のカードを狙う少年、覚知山ボウイとの戦いに挑む。そこで聞こえてきた謎の声に導かれるままにウィンが召喚したのは、世界の支配を目論む邪神で──！？新たなデュエル・マスターズが今始まる！
ウィンに呼び出された後、カードの中へと戻っていった邪神。空腹を満たすために再びカードから飛び出すも、なんだか様子がおかしいようで……。一方、ウィンとボウイの不思議なデュエルに魅せられたウィンの父パパリンも早速ウィンと対決することに！ウィンは生粋のデュエリストであるパパリンに勝利することができるのか！？
若きカリスマＩＴ社長であり、「D4」のリーダーでもある無敗の最強デュエリスト、プリンス・カイザ。彼の圧倒的な強さを知り対決を望むウィンの前に、同じく「D4」の一人であるボウイが現れる。カイザとの対決しか頭にないウィンに対し、新たなカードを手にリベンジに燃えるボウイは再び勝負を申し込む！
珍獣チバカブラは実在した！ウィンたちが住むチバに潜むという謎の生物チバカブラが持っていたのは、なんとデュエマのカード！？そのカードに興味を持ったウィンと仲間たちで結成された「チバカブラ捜索隊」一行は、チバカブラとカードの正体を探るべく、チバはシラハマの奥地にあるジャングルへ向かうのだった──。
邪神くんが本来の力を取り戻すためには、邪神の一族「アビスロイヤル」の仲間を集める必要があった。ある日、ウィンの友達から漂う魅力的な香りを嗅ぎつけた邪神くんは、その正体を突き止めるためウィンと共に彼らを追いかけることに。邪神くんを惹きつける香りの主は、もしや新たなアビスロイヤルなのか──！？
プリンス・カイザへの挑戦権をかけた大会「ガチデュエバトル」が開催！ウィンは邪神くんと共に大会に参加することに。大会当日、いじめられっ子を助ける謎の美少女カレンと出会いなんだかいい雰囲気のウィン。大会も順調に勝ち進む中、ウィンに嫉妬の炎を燃やすうんちくは自慢の墓地利用戦術でウィンに勝負を挑む！！
マイハマからやってきたギャングデュエリスト、マズキとケンドラ。デュエマ大会でボウイを不可解な戦術で下した二人に対し、その勝利をイカサマによるものと疑うウィンは仲間たちと共に秘密を暴くべく調査を開始！ 準決勝でマズキと激突するウィンもまた、彼らが仕掛ける罠の餌食となってしまうのか――!?
イカサマを暴かれたマイハマギャング、マズキとケンドラがガチデュエバトルの優勝賞品を奪って逃走！ ウィンたちはパパリンを本部長とする捜査本部を立ち上げ、捜査に乗り出す！ みんなが楽しみにしている優勝賞品を奪った二人をこのシラハマの街から脱出させるわけにはいかない！ ウィンたちよ、シラハマを封鎖せよ!!
プリンス・カイザが社長を務める竜神コーポレーション。その副社長として謎の男、ハリウッドザフクシャチョウが来日！ しかし、その就任の裏ではカイザの信念と大人たちの陰謀がぶつかり合っていた――。ハリウッドザフクシャチョウからデュエマを挑まれたカイザ。ついにD4の頂点に君臨する彼の実力が明らかになる！
ある朝目覚めたウィン。今回はなんだかいつもと様子が違うようで……。そんなウィンの前に現れたのは、ハリウッドザコシショウ!? そして、ウィンとまさかのデュエマ対決!? 前代未聞の異世界デュエマ、一体どちらが勝利するのか！ 総集編との二本立てスペシャルだぞ！
最強と謳われるデュエマ四天王「D4」。人々の希望となり、ある大義を果たすために集う彼らにとって、デュエマでの敗北は許されるものではなかった。そんな中、一人スランプに陥り敗北続きのボウイはウィンにリベンジを宣言して特訓を開始。そしてウィンとの決戦の日、ボウイの前に現れたのはなんとあの男だった――。
カイザにデュエマで負け、これまでの敗北も知られてしまったボウイ。失意の中、それでもデュエマをするためにやってきたボウイを見たウィンは、彼を連れて帰ることに。その夜、自分の思いを語るボウイに対しウィンはある提案をする。一方、邪神くんたちアビスロイヤルが住む城には招かれざる客がやってきていた……。
デュエマを愛し仕事はほどほどにこなす、趣味に生きる男パパリン。ある日、会社をクビになってしまうことに!? 突然の知らせを受け会社に直談判に向かうパパリンを待っていたのは、親会社の社長であったプリンス・カイザだった。クビ撤回のため、そして息子ウィンのため、パパリンはカイザとデュエマで勝負することに!!
パパリンを打ち破り、弱者と断じるカイザ。彼への怒りと憎しみに燃えるウィンはパパリンの仇を討つため、一人飛び出していく。そんなウィンから放たれる怒りのオーラにより力を増した邪神は新たなアビスを生みだす。カイザとウィン、因縁の対決が今、幕を開ける――。
パパリンを傷つけたカイザへの怒りに燃え、絶対に負けられないデュエルを進めていくウィン。その怒りの理由は過去の思い出にあった。一方、カイザもある目的を胸に秘め、ウィンの実力を試すような戦いを見せていく。お互いの思いがぶつかり合う一進一退の攻防、勝負の行方は果たして──！？
カイザが探し求める存在、「デュエル・マスター」。ウィンはその正体を確かめるべく、シラハマの街で調査を始める。そんな中、世にも恐ろしい地下デュエマが行われていると知ったウィンは、新たな情報を求め地下デュエマに参戦することに。そこでは一体どんなデュエマが繰り広げられているのか！？
最強のデュエリストとの戦いを求め、デュエル・マスター探しを続けるウィン。そんなウィンの前にあのリッチな警官が現れた……と思ったら、事件の容疑者として追われることに！？一方、シラハマのカードショップでは規格外のベイビーが迷子になっていて……。常識外れのゲストにウィンはどう立ち向かうのか！？
シラハマに二人のD4が降り立った──その名は霞ヶ関ファルゴ＆最上川イッサ！彼らもまた、カイザが探し求めている「デュエル・マスター」の存在を確かめるべく、この地にやってきたのだった。自然のD4と水のD4、その実力はいかに！？そしてウィンは二人のデュエマを見て何を思うのか！？
ウィンの中に潜んでいるはずの心の闇を解き放ち完全復活を目指す邪神くんは、部下のアビスロイヤルに命じその闇の正体を暴こうとする。そんな中、新たなルールのデュエマ「デュエパーティー」の存在を知ったウィンたちは早速やってみることに。策略が渦巻く多人数戦で、ウィンの心の闇は見えるのか……！？
なぜかカイザに知られていたウィンの新カード。それが生まれる瞬間を見ていたのは、源さん、ランナー、いいやん、うんちく、ボウイ、カレンの6人のみ！この中の誰かがウィンを裏切り、カイザに情報を流しているということなのか……？ウィンは真相を突き止めるべく、捜査を開始する！
カイザに勝つためには何かが足りない……。さらなる切り札を求め、邪神くんに相談するウィン。一方、邪神くんの城にはアビスロイヤルたちも恐れるほどの脅威が迫っていた──。その名は「邪龍 ジャブラッド」。邪神にすら牙をむく最悪の邪龍の襲来は、ウィンに何をもたらすのか？
これはウィンたちが住む世界とはまた別の世界のお話──。カードの力を宿した生徒たちが集まる学校「デュエマジ学園」で前代未聞のバトルが巻き起こる──！？ウィンたちのこれまでのお話がわかる総集編との二本立てスペシャルだ！！
新たな切り札「邪龍 ジャブラッド」を使いこなすべく仲間たちと大会を開くことにしたウィンは、突如何者かの手によって連れ去られてしまう！たどり着いた先で待っていたのはカイザ！？そしてウィンの前には謎のシノビが刺客として立ちはだかる！果たして、ウィンを裏切り続けていたというシノビの正体とは……！？
裏切り者を撃破し、ついにその正体を知ったウィン。それでも大切な友達だと語りかけたその時、カイザの命を受けた鉄仮面が裏切り者を連れ去ってしまう。大切な人を傷つけてきたカイザに対する怒りと憎しみが頂点に達したウィンはさらなる闇をまとい、邪神と共にカイザとの全面対決に臨む！
一進一退の攻防の中、カイザが召喚した切り札「ボルシャック・カイザ―」。その正体はカイザに協力し続けていた鉄仮面だった！！邪神を滅ぼすべくボルシャックと共に攻勢をかけるカイザ。ウィンは邪神くんを失い、絶望の闇に呑まれてしまうのか……！？ウィンとカイザ、邪神とボルシャック、因縁の対決がついに決着！！
カイザとの対決を終えたウィンは、ランナー、いいやん、うんちくの3人と「中学生になったらやりたいことリスト」を作っていた。そんなウィンの前にボウイが現れ、デュエマが学べる学校「マイハマ学園」への入学を勧める。ランナーたちとの約束とデュエマを極めたいという思いの中で揺れるウィンの決断は──！？
仲間たちに後押しされ、マイハマ学園へ進むことを決意したウィン。しかし、その入試は超難関かつ今年の試験はすでに終わっていた……。絶望的な状況の中、パパリンはどんな試験も合格させてしまう伝説の合格請負人を呼び寄せる。その正体はクセが強すぎるあの人たちだった──！！
伝説の講師陣の熱血指導を受けたものの、依然としてマイハマ学園への道が開けないウィンのもとへ特別推薦入試の案内が届く。その内容はある人とデュエマで戦い勝利すること！ウィンの前に立ちはだかったのはまさかのあの人で──！？ウィンは無事試験を乗り越え、マイハマへと旅立つことができるのか！？
アニメ「デュエルマスターズWIN」を振り返り！そしてこれから始まる「決闘学園編」を徹底解剖！！
